第二军医大学海军医学系成立于1958年，是全军唯一的海军高层次医疗人才培养基地和重要的医疗科研单位。师资力量雄厚,现有教授8名、副教授15名，博士生导师6名、硕士生导师18名，50多人次在国际、国内及军队重要学术团体中担任学术职务。航海医学和放射医学为国家重点建设学科，航海医学为军队“2110工程”重点建设学科，放射医学为上海市公共卫生重点建设学科。航海特殊环境医学防护实验室为军队院校重点实验室、军队医学专业重点实验室和全军后勤重点实验室。